COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 30.493831 30.493831 29.801955
2021-01-03 17:00:00 32.148499 32.148499 30.030322
2021-01-02 17:00:00 38.852583 30.677578 30.003591
2021-01-01 17:00:00 31.725468 31.725468 29.887809
2020-12-31 17:00:00 30.569807 30.569807 29.549713
2020-12-30 17:00:00 25.415699 25.415699 29.117618
2020-12-29 17:00:00 24.559100 24.559100 28.738249

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 28.470588 28.470588 23.579910
2021-01-03 17:00:00 24.909747 24.909747 23.436468
2021-01-02 17:00:00 24.468085 24.468085 23.350831
2021-01-01 17:00:00 40.877368 12.063809 23.630302
2020-12-31 17:00:00 33.979136 33.979136 23.153854
2020-12-30 17:00:00 22.528363 22.528363 23.240386
2020-12-29 17:00:00 13.782991 13.782991 22.722093

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 21.578947 21.578947 25.279199
2021-01-03 17:00:00 25.471698 25.471698 25.188617
2021-01-02 17:00:00 39.000000 39.000000 25.291566
2021-01-01 17:00:00 31.643002 31.643002 24.884571
2020-12-31 17:00:00 21.940299 21.940299 24.351893
2020-12-30 17:00:00 20.000000 20.000000 23.322763
2020-12-29 17:00:00 26.459144 26.459144 22.065539

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 15.272979 15.272979 13.998108
2021-01-03 17:00:00 10.630758 10.630758 14.147268
2021-01-02 17:00:00 20.348837 20.348837 14.189943
2021-01-01 17:00:00 19.360269 19.360269 14.044147
2020-12-31 17:00:00 13.333333 14.144534 13.935926
2020-12-30 17:00:00 14.573191 13.299663 13.440282
2020-12-29 17:00:00 6.432518 6.432518 13.233131

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 18.844601 18.844601 16.577616
2021-01-03 17:00:00 14.671723 14.671723 16.815959
2021-01-02 17:00:00 19.959267 19.959267 17.135221
2021-01-01 17:00:00 10.591900 15.766902 16.013718
2020-12-31 17:00:00 10.889216 16.766467 14.826345
2020-12-30 17:00:00 12.246510 12.246510 14.828725
2020-12-29 17:00:00 25.901368 25.901368 15.124760

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 55.690915 55.690915 43.036933
2021-01-03 17:00:00 34.921245 34.921245 41.465254
2021-01-02 17:00:00 77.112543 77.112543 41.014841
2021-01-01 17:00:00 58.604547 58.604547 40.631751
2020-12-31 17:00:00 35.091211 35.091211 39.880730
2020-12-30 17:00:00 28.956981 28.956981 38.598060
2020-12-29 17:00:00 23.311604 23.311604 37.471526

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 38.865837 38.865837 39.865466
2021-01-03 17:00:00 30.349014 30.349014 39.882898
2021-01-02 17:00:00 46.262887 46.262887 39.784299
2021-01-01 17:00:00 39.766407 39.766407 39.632330
2020-12-31 17:00:00 39.012456 39.012456 38.870380
2020-12-30 17:00:00 52.142857 52.142857 38.338971
2020-12-29 17:00:00 31.724582 31.724582 37.453970

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 32.355081 32.355081 27.683422
2021-01-03 17:00:00 27.946800 27.946800 27.405702
2021-01-02 17:00:00 31.843157 31.843157 27.182304
2021-01-01 17:00:00 27.340289 27.340289 26.776735
2020-12-31 17:00:00 28.172832 28.172832 26.351983
2020-12-30 17:00:00 25.994540 25.994540 25.611363
2020-12-29 17:00:00 21.580439 21.580439 25.221395

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 31.240429 31.240429 37.183592
2021-01-03 17:00:00 31.936416 31.936416 36.776882
2021-01-02 17:00:00 49.271845 49.271845 34.474253
2021-01-01 17:00:00 41.658241 41.658241 34.009388
2020-12-31 17:00:00 40.067912 40.067912 33.190532
2020-12-30 17:00:00 21.249360 42.174797 32.069493
2020-12-29 17:00:00 30.168150 30.168150 30.542770

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 28.491251 28.491251 32.137956
2021-01-03 17:00:00 32.770853 32.770853 31.829854
2021-01-02 17:00:00 33.524629 33.524629 31.378761
2021-01-01 17:00:00 35.061955 35.061955 30.787651
2020-12-31 17:00:00 37.137908 37.137908 29.950670
2020-12-30 17:00:00 24.635547 24.635547 28.916983
2020-12-29 17:00:00 21.941697 21.941697 27.784109

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 15.295131 15.295131 19.740753
2021-01-03 17:00:00 26.571429 26.571429 19.945201
2021-01-02 17:00:00 20.070423 20.070423 19.002579
2021-01-01 17:00:00 21.868097 21.868097 18.837853
2020-12-31 17:00:00 19.265552 19.265552 18.145246
2020-12-30 17:00:00 17.483562 17.483562 17.455914
2020-12-29 17:00:00 19.148134 19.148134 16.871086

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 16.141732 16.141732 10.204863
2021-01-03 17:00:00 9.326425 9.326425 9.900600
2021-01-02 17:00:00 11.170213 11.170213 9.564206
2021-01-01 17:00:00 11.751663 7.887324 9.636661
2020-12-31 17:00:00 11.488251 11.488251 10.074512
2020-12-30 17:00:00 6.002729 6.002729 9.651595
2020-12-29 17:00:00 2.723735 2.723735 9.528728

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 11.708861 11.708861 37.752578
2021-01-03 17:00:00 51.891892 51.891892 37.602792
2021-01-02 17:00:00 36.595745 36.595745 35.771471
2021-01-01 17:00:00 40.909091 40.909091 35.729454
2020-12-31 17:00:00 45.936396 45.936396 34.763036
2020-12-30 17:00:00 38.938053 38.938053 33.651539
2020-12-29 17:00:00 51.123596 51.123596 32.714625

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 58.308157 58.308157 46.695035
2021-01-03 17:00:00 33.766234 33.766234 46.780071
2021-01-02 17:00:00 93.548387 93.548387 45.590950
2021-01-01 17:00:00 64.333333 64.333333 45.778986
2020-12-31 17:00:00 81.841432 42.071611 46.485822
2020-12-30 17:00:00 38.703340 38.703340 45.092680
2020-12-29 17:00:00 36.764706 36.764706 44.943047

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 36.647494 36.647494 38.334976
2021-01-03 17:00:00 42.078365 42.078365 37.758720
2021-01-02 17:00:00 43.127490 43.127490 37.406373
2021-01-01 17:00:00 38.416848 38.416848 37.238900
2020-12-31 17:00:00 42.440236 42.440236 36.464730
2020-12-30 17:00:00 32.996845 32.996845 35.748139
2020-12-29 17:00:00 38.112523 38.112523 34.552774

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 25.300722 25.300722 33.901132
2021-01-03 17:00:00 38.982355 38.982355 33.073019
2021-01-02 17:00:00 17.400101 17.400101 33.217460
2021-01-01 17:00:00 87.957125 87.957125 33.783857
2020-12-31 17:00:00 39.434948 39.434948 33.824696
2020-12-30 17:00:00 30.548628 30.548628 32.810470
2020-12-29 17:00:00 20.593896 20.593896 32.038955

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 11.397296 11.397296 11.467687
2021-01-03 17:00:00 15.532426 15.532426 11.304322
2021-01-02 17:00:00 15.632754 15.632754 11.006840
2021-01-01 17:00:00 12.731078 12.731078 10.957435
2020-12-31 17:00:00 11.944174 11.944174 10.700177
2020-12-30 17:00:00 8.425379 8.425379 10.322075
2020-12-29 17:00:00 5.248869 5.248869 10.040792

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 28.668590 28.668590 24.851784
2021-01-03 17:00:00 27.567141 27.567141 24.346297
2021-01-02 17:00:00 24.026187 24.026187 24.354810
2021-01-01 17:00:00 24.933333 24.933333 23.776475
2020-12-31 17:00:00 29.623717 29.623717 23.188938
2020-12-30 17:00:00 20.460551 20.460551 22.452071
2020-12-29 17:00:00 19.268009 19.268009 21.811149

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 18.912387 18.912387 16.652158
2021-01-03 17:00:00 13.206845 13.206845 16.449844
2021-01-02 17:00:00 25.369333 25.369333 16.496427
2021-01-01 17:00:00 17.613636 17.613636 16.369302
2020-12-31 17:00:00 17.873303 17.873303 16.221439
2020-12-30 17:00:00 13.747759 13.747759 15.784425
2020-12-29 17:00:00 10.399079 10.399079 15.399542

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 25.000000 5.960265 22.535118
2021-01-03 17:00:00 24.105012 24.105012 22.640175
2021-01-02 17:00:00 51.546392 51.546392 21.747274
2021-01-01 17:00:00 23.408624 23.408624 21.993284
2020-12-31 17:00:00 28.142589 28.142589 21.531168
2020-12-30 17:00:00 33.820663 33.820663 21.007468
2020-12-29 17:00:00 16.479017 16.479017 20.044478

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 6.053812 21.862348 17.310880
2021-01-03 17:00:00 7.592191 28.000000 17.393762
2021-01-02 17:00:00 2.167183 5.982906 18.086650
2021-01-01 17:00:00 12.318841 12.318841 18.423811
2020-12-31 17:00:00 26.605505 26.605505 19.112604
2020-12-30 17:00:00 13.084112 13.084112 18.819537
2020-12-29 17:00:00 0.000000 0.000000 19.136118

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-04 17:00:00 80.826526 77.332160 82.534953
2021-01-03 17:00:00 78.615774 78.615774 82.561337
2021-01-02 17:00:00 82.745098 82.745098 79.894421
2021-01-01 17:00:00 77.738230 77.270508 81.500184
2020-12-31 17:00:00 75.011721 116.717325 80.183362
2020-12-30 17:00:00 72.317752 72.317752 78.957874
2020-12-29 17:00:00 69.868421 69.868421 77.732687

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 28.470588 28.470588 23.579910
Basilicata 21.578947 21.578947 25.279199
Calabria 15.272979 15.272979 13.998108
Campania 18.844601 18.844601 16.577616
Emilia-Romagna 55.690915 55.690915 43.036933
Friuli Venezia Giulia 38.865837 38.865837 39.865466
Lazio 32.355081 32.355081 27.683422
Liguria 31.240429 31.240429 37.183592
Lombardia 28.491251 28.491251 32.137956
Marche 15.295131 15.295131 19.740753
Molise 16.141732 16.141732 10.204863
P.A. Bolzano 11.708861 11.708861 37.752578
P.A. Trento 58.308157 58.308157 46.695035
Piemonte 36.647494 36.647494 38.334976
Puglia 25.300722 25.300722 33.901132
Sardegna 11.397296 11.397296 11.467687
Sicilia 28.668590 28.668590 24.851784
Toscana 18.912387 18.912387 16.652158
Umbria 25.000000 5.960265 22.535118
Valle d'Aosta 6.053812 21.862348 17.310880
Veneto 80.826526 77.332160 82.534953
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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